As a FreeBSD user, I can tell that our base gcc (4.2.1) does not look into /usr/local/include at all. All system headers are located in /usr/include and all third party includes go into /usr/local/include. This makes possible to use, for example, two versions of OpenSSL simultaneously.<br>
So, if clang will start searching in /usr/local/include first, it would be slightly unexcepted.<br>